阿米巴经营模式作为分级管理、分级核算、自负盈亏的一种形式，其组织架构也呈现出百花齐放、多种状态同时并存的新格局。
1、阿米巴组织和非阿米巴组织并存
在企业中，并非所有部门都有成立阿米巴的必要，如果不具备成立阿米巴的条件，那就维持原状。根据业务重要性，阿米巴组织与非阿米巴组织不是相互独立的，更多是相互并存的，甚至不同类型的阿米巴也是并存的。
2、多级阿米巴和单级阿米巴并存
在一家企业中，多级阿米巴和单级阿米巴是可以并存的。
有的部门可以分成三级阿米巴，甚至四级阿米巴。例如，销售部门是一个一级阿米巴，销售部有按照区域维度划分成多个二级阿米巴，区域阿米巴可能又按照客户维度分成三级阿米巴，这是一个多级阿米巴。人力资源部由于业务单一，可以是一个一级阿米巴，也可以是一个单级阿米巴。
作为多级阿米巴的销售部门，以及作为单级阿米巴的人力资源部门，这两个部门在公司中都是并存的。
3、自下而上设计与自上而下设计并存
设计阿米巴架构的时候，根据公司规模、企业发展战略、投资决策、产品开发、经营地域等情况，确定是采取自下而上的方式，还是自上而下的方式。
在通常情况下，自下而上设计与自上而下设计是并存的。如果追求整体效果，我们可以选择自上而下，逐级细分。如果追求快速导入阿米巴，可以自下而上的选择一些部门、车间、科室先做成阿米巴，待试点取得成功，再在整个公司广泛推行。
4、核算的五种形态可以并存
在一些企业中，阿米巴的核算形态并非是单一的，而是五种形态同时并存。比如采购部门做成成本中心；品管部门做成成本中心；财务部门做成投资中心，这相当于资本阿米巴，销售部门做成收入中心等。多种核算形态并存，就形成相互依存、共存共生的阿米巴生态圈。
5、划分的六个维度可以并存
划分阿米巴的时候，有的阿米巴是按照职能维度来划分，有的阿米巴是根据客户维度来划分，有的阿米巴是按照区域维度来划分，有的阿米巴是按照品牌维度来划分。即划分阿米巴的六个维度是可以并存的。
