阿米巴组织划分之后，将体现在阿米巴架构上。企业根据战略重新设计组织架构、优化运作流程，可以使企业高效、稳健运作，解放生产力、解放老板。
企业每一次组织结构的升级，实质都是与企业整体战略升级相应的自我变革。那么，我们如何构建阿米巴架构呢？
1、构建原则
（1）在纵向关系上，按照“集中决策，自主经营”原则，领导层研究和制定发展战略、经营目标，最大限度的把管理权下放到各阿米巴。阿米巴自主经营，充分发挥自身的积极性和主动性。
（2）在横向关系上，各阿米巴均为利润中心。在财务集中管理的基础上，各阿米巴设立经营会计报表，实行独立核算。各阿米巴之间形成交易关系。
2、构建步骤
（1）从战略出发，选择有助于高效运作的组织架构。公司要从战略角度出发，分析行业竞争趋势和关键因素，结合公司的资源和能力优势，明确公司要以什么组织架构打败竞争对手、赢得客户、创造高收益。
（2）明确各阿米巴在价值链环节中的不同角色。明确在价值链不同环节中(研发、产品管理、采购生产、销售服务），哪个阿米巴（职能阿米巴、产品阿米巴、区域阿米巴还是客户群事业部阿米巴）应被赋予更大的决策主导权，哪个阿米巴应扮演支持角色，哪个阿米巴只要做好执行工作就行。
（3）设计阿米巴权限划分和控制体系。明确公司总部与阿米巴的分权关系，把阿米巴的任务、流程、权力和责任重新进行有效组合和协调。设定各阿米巴的职责和权限，什么决策全归它管、什么不归它管，并且明确彼此之间的汇报关系，以确保决策和执行的质量及速度。
（4）建立绩效考核体系。绩效考核必须与该阿米巴赋予的权责相称，科学设计合理的考核目标，使阿米巴经营目标与企业整体战略重合。建立阿米巴激励体系，设计多种激励方式。
