自上而下设计与自下而上设计阿米巴，各有利弊。从时间的快慢而言，自下而上，先在下面的几个部门、车间、科室推行阿米巴，实施的速度更快一些。从整体效果而言，最好还是自上而下来设计。
1、如何自上而下设计阿米巴
阿米巴组织架构，去行政化、去权力化。设计阿米巴组织架构，最好的方式是从上而下来设计。因为这个时候，企业已经梳理了公司的战略，已经对公司的组织架构重新设计，在新的组织架构上来做阿米巴的划分，更容易产生效果。
形成自上而下的管理架构。按照各阿米巴经营范围，在发展规划、业务审批和定价、产品创新和推广、风险防控流程和手段等方面做到自上而下的统一标准、垂直管理。
在阿米巴层级设定上，遵循的是自上而下，逐级细分的逻辑。从一级阿米巴到若干级阿米巴，逐级分权、逐级推进。如先从一级阿米巴开始推进，成熟后再将以级阿米巴西分成下一级阿米巴，条件成熟后再进一步细化成更小的阿米巴单元，这就需要对企业的阿米巴划分进行整体规划。
2、如何自下而上设计阿米巴
自下而上，先试点后推广。阿米巴经营的推行首先应该从局部开始试验，待试点取得明显成效、推行成功之后再进行推广，逐步运行到整个企业。
例如，有些公司要求把制造部门做成阿米巴，这样也可以，这叫自下而上的设计。待试点取得成功，再在整个公司广泛推行。或者公司着急导入阿米巴经营模式，等不了从上而下进行设计，也可以采取自下而上的方法。
企业推行阿米巴经营模式，不是为了某个阿米巴的利益，而是为了整个企业的利益。因此，在推行阿米巴进行局部试点时，要时刻把企业的整体利益放在第一位。
