在阿米巴运行纵深化的阶段，阿米巴将产生裂变和分化。裂变就是“分”，即按产品、客户、区域等类别组团，通过内生式发展和国内并购，不断裂变出若干个相对独立的阿米巴。阿米巴持续裂变的过程，代表企业的规模不断发展扩大。
1、阿米巴裂变孵化方向
阿米巴裂变孵化，向上和向下都可以无限延伸。当阿米巴组织裂变孵化几次后，母体公司自然就在层级的上端了，这样就形成了多层级，根据裂变的层级也会有相应的阿米巴激励机制。
2、阿米巴平行裂变
例如成品阿米巴内部按研发、销售、生产、经营支持、后勤服务裂变为五个二级阿米巴；生产又按车间、工段裂变为若干个三级阿米巴；销售按客户或区域裂变为三级阿米巴。
3、阿米巴裂变孵化的规则
阿米巴裂变需要制定基本原则，形成制度保障。其核心内容包括：建立投、融、管、退的一套成果资产化流程；阿米巴裂变顶层设计方案，包括阿米巴裂变孵化的范围、评审、标准、激励政策等；阿米巴孵化制度，包括经营协议、种子资金使用规则、内部资源申请及结算等。
4、阿米巴裂变与培育新业务
随着公司裂变孵化出更多的阿米巴，公司业务规模自然在扩充，并且这种扩充是建立在以投资回报率增长、劳动生产率提升基础之上的良性扩充。
从企业整体发展角度来说，一定要鼓励阿米巴培育新业务，但当阿米巴内与原核心业务非相关的业务发展较快、预期成长性较高且耗用精力较大时，亦可以考虑将此非相关业务进行分拆，单独成立与原阿米巴平行的阿米巴组织，或在原阿米巴内孵化出产销一体的“微阿米巴”，以促进该业务的快速发展。
